没过几日，方腊军又攻陷处州，缙云尉詹良臣率数十人出御，为贼所擒，诱降不屈，也被杀死。

随即，方腊嗣令杭州守贼方天定引众六万，陷崇德县，转攻秀州。

方天定得令，率南军六万众，在攻陷了崇德县后，又驱兵马，来到秀州城下，将秀州城团团围住，昼夜攻打。幸亏秀州统军王子武，果敢善战，号召兵民，登陴力御，斗大的秀州城，兀自守住，未被南军攻破。

童贯率军抵达金陵，稍事休整，留偏将刘镇把守金陵，他率军急进，抵达镇江后，闻知秀州被围，急檄王禀驰援，去救秀州。正巧熙河将辛兴宗、杨惟忠亦领兵到来，两路军遂夹攻方天定，方天定支持不住，只好退走，秀州解围。

方腊东攻不克，转图西略，连陷宁国、旌德诸县，官军被其牵制，又只得分军西援，一时顾不到浙西。

童贯率兵，到了苏州，知道花石纲引起的民愤太大，立刻私自用宋徽宗的名义，下了一道诏书，承认错误，并且撤销了专办花石纲的“应奉局”，把朱勔撤职。

东南的百姓看到朝廷取消了花石纲，徽宗皇帝也下了罪己诏，承认了错误，罢免了朱勔，总算是出了一口恶气。

这时候，童贯使用了和谈与征剿两种手段，先是派人到方腊那里下降书，承诺只要方腊投降朝廷了，保证不杀，并给予一定的官职；另一方面整顿战备，准备进剿方腊。

信使打出了写有“信使”二字的三角旗，一路寻至方腊行营，下了招降书。

那方腊全不似水泊梁山的宋江。对朝廷的招安，方腊严词拒绝，将招降书唰唰几把撕成碎片，掷于地上，喝令键卒，扯翻了信使，摁于地上，照屁股打了一顿棍棒，撵将了出去。

童贯派去的信使屁股被打得皮开肉绽，忍着痛疼，一瘸一拐地走了。

信使回到童贯大帐，将招降方腊不成反被棍打的情况，报告给了童贯。童贯闻听到这个情况，气得暴跳如雷，急令部属，抓紧战备，准备征剿方腊。

战备整顿完毕，童贯再行进发，进剿方腊匪军。

方腊起事，声势虽然闹得挺大，但若是真打起仗来，远不是训练有素的官兵对手。所以，在童贯大军的征剿下，方腊节节败退，一直退到了帮源峒。

童贯指挥各路援军 ，共计有三十万人马，四下里将帮源峒围困了起来。

方腊见情势危急，急令部下带领大部队突围，他自己带领一小部分人员，牵制官兵。

方腊手下几大元帅均不同意，纷纷说道：“圣上，您带着部队突围，我们给您打掩护。”

方腊闻言，急令道：“情势危急，不要再争了。与你们相比，我的目标更大，童贯那个佞贼盯得是我，不是你们，只要你们能安全突围，便是留得了青山，何愁没有柴烧？你们要保全力量，继续战斗。”

说完，方腊拖着已经受伤的身体，带领一小队人马，突然杀向官兵，以此吸引官兵注意力，掩护其他人突围。

冲至官兵阵中的方腊，挥舞着大刀，接连砍死数十名官兵。

方腊的刀刃砍得卷了起来，不能再用；于是，方腊便跳下马，举起一块块石头，使劲地掷向官兵。

官兵中，有认得方腊的，大喊一声：“此贼乃方腊！”

官兵闻听到对方是方腊，争功心切，挥舞着刀枪，围了上来。方腊身边的石头也投掷完了，只能赤手空拳地与官兵对打。朝廷官兵见方腊已是困兽犹斗，纷纷冲上去，抢着砍方腊的头，好回去邀功。

可惜方腊没有陈硕贞的运气，此时，除了汹涌而上的官兵外，并没有凤凰飞至自己身旁，他好骑了凤凰离去。当时方腊，身陷众围，寡不敌众，被官兵一阵大刀，砍成了肉酱。

自此，方腊起义被灭，余众也陆续被征剿。

关于方腊的死，这是一种说法，似乎不甚有意思。

另一种说法来自《续资治通鉴》。

据说，宣和三年四月，王渊的裨将韩世忠，潜行至清溪溪谷，向一妇人问路，说要进峒去捉拿方腊。地方民众也恨方腊滥杀无辜，欺男霸女，为非作歹。那妇人便指给了韩世忠进峒的路径。

韩世忠带着手下三十余名兵卒，冲入峒中。

峒中，方腊正拥抱着一个妇女在取乐。

方腊见韩世忠杀至眼前，急推开了怀中拥抱着的美妇，跳将起来，和韩世忠格斗。

那韩世忠也是个有力气的人。年轻时，韩世忠于大江游泳，一个大蟒蛇要吃他，他愣是用两手掰住了大蟒蛇的上下唇，终是用计斩杀了大蟒蛇。

那方腊再猛也猛不过大蟒蛇嘛！

现在，韩世忠与方腊斗成一团。

角斗中，韩世忠猛然转身，待方腊来攻他时，伸出一臂，将方腊死死勒住。方腊被勒的差点噎过气去，韩世忠遂捆了方腊，押出峒去。

守候在峒口的是韩世忠的顶头上司辛兴宗。那辛兴宗见韩世忠逮了方腊，命部下将方腊接收，把逮了方腊的功劳记在自己头上。

这种说法也不甚有意思。

还有一种是民间的说法。

说方腊起兵前，其行踪被他曾经扛活的里正方有常获悉，方有常遂打算往县衙里去告发。不期想，方有常要告发方腊起义的消息被方腊知道了，方腊遂杀了方有常一家六口，只有方有常小儿子方庚因外出得免。

方庚听说大军征伐到此，为报家仇，遂带大军，突入帮源峒中，擒获了方腊。

上述说法都过于简单，最有意思的是施耐庵老先生在《水浒传》中的说法。

因为本书接下来将讲述水泊梁山招安后征剿方腊的情况，所以，本书取方腊乃是让花和尚鲁智深擒获了的说法。

那鲁智深乃宋江手下的步兵头领，遵照师父智真长老“逢夏而擒，遇腊而执，听潮而圆，见信而寂”的偈言，在追赶方腊残军的时候，追入山林迷了路。

此时，出现了一个老和尚，带着鲁智深在山里转来转去，最后转至一茅草屋外，安顿着鲁智深歇了。

那老和尚告诉鲁智深说：“这屋里已经给你准备好了一应食宿，你只管在这里待着，如果这两天看到树林中钻出一壮大汉子来，无需多说，只管打翻了抓住就是。”说毕，老和尚便自己离开了，只丢下鲁智深一人在山林中。

鲁智深目送老和尚离去，便进屋休息。

第二天，鲁智深起了床，躺在屋外草地上休息，果然见一壮大汉子从树林中钻将出来。鲁智深想起老和尚的叮嘱，也不搭话，只管提了禅杖，一杖将那汉子打倒在地，捆绑起来，再提溜起那人，仔细一看，被打倒捆绑之人，乃是方腊。